Analysis of pentatricopeptide repeat proteins in vivo: target RNAs and functions

• Applicant: Professor Dr. Christian Schmitz-Linneweber
• Subject Area: Plant Genetics and Genomics
• Term: from 2005 to 2011
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 16093264

RNA Bindeproteine regulieren zentrale Prozesse der Genexpression und sind somit von eminenter Bedeutung für Wachstum und Entwicklung von Vielzellern. Das Kerngenom von Pflanzen kodiert eine Vielzahl von RNA Bindeproteinen, von denen wiederum einige hundert in die Mitochondrien und Chloroplasten importiert werden. Nur wenige davon sind charakterisiert worden und nur in seltenen Ausnahmen konnten dabei Substrat-RNAs und Funktion in vivo bestimmt werden. So ist für die größte Familie von putativen RNA Bindeproteinen in Pflanzen, die pentatricopeptid repeat (PPR) Familie, in keinem Fall der spezifische, physiologisch relevante RNA Ligand identifiziert worden. In diesem Projekt wird versucht von einer Auswahl von PPR Proteine die in vivo relevanten Ziel-RNAs zu bestimmen. Dazu werden PPR Proteine aus ihrem nativen Kontext immunopräzipitiert und die aus dem Präzipitat isolierten RNAs mittels microarray-Hybridisierung identifiziert. Parallel werden Mutanten isoliert, um die Funktion der ausgewählten PPR Proteine für den Metabolismus der jeweiligen Ziel-RNA zu bestimmen.

• DFG Programme: Independent Junior Research Groups