Proteomische Charakterisierung von krankheitsrelevanten PDZ Domänen und dessen gezielte intrazelluläre Interferenz mittels zell-penetrierender Peptide (CPPs).

• Applicant: Dr. Rudolf Volkmer
• Subject Area: Biochemistry
• Term: from 2005 to 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 15377009

Das hier beantragte Projekt zur proteomischen Charakterisierung der Spezifität von PDZ Domänen gliedert sich in drei Teile.Ein Teil beinhaltet die Weiterentwicklung der Methode der invertierten Peptide mit dem Ziel, phosphorylierte Peptide in invertierter Form mittels SPOT Synthese auf Zellulosemembranen zu generieren. Damit eröffnet sich die Möglichkeit, den vermuteten Regulationsmechanismus bei einigen PDZ Domänen, der durch Cterminale Phosphorylierung gesteuert ist, mittels Vergleich phosphorylierter und nicht-phosporylierter Peptidbibliotheken zu untersuchen.Der zweite Teil des geplanten Projektes hat die Fortsetzung der proteomischen Analyse von PDZ Domänen zum Inhalt. Hierzu sollen weitere humane PDZ Domänen, die uns von anderen Arbeitgruppen überlassen werden, bezüglich ihrer Liganden-Spezifität analysiert werden. Die Daten sollen anschließend in unserer frei zugänglichen Datenbank (http://www.fmp-berlin.de/nmr/pdz) abgelegt werden. Darüber hinaus können diese Untersuchungen einen Weg für eine genauere Klassifizierung von PDZ Domänen ebnen.Im letzten Abschnitt wollen wir den Versuch unternehmen, durch einen chemischbiologischen Ansatz ein einfaches ¿high throughput in vivo¿ array zu etablieren. Ziel ist es, mittels einer Kombination aus Zellbiologie und SPOT Technologie schneller Antworten zur biologischen Relevanz von in vitro wirksamen Peptiden zu erhalten. Die Peptid/PDZ Domänen Interaktion soll hierbei als Modell für die Etablierung dieser Methode dienen. Grundgedanke bei diesem Verfahren ist SPOT-synthetisch hergestellte Peptide mittels cell penetrating peptides (CPP) oder anderer Transfektionsreagenzien in einem (hoch)parallelen Ansatz in Zellen einzuschleusen und funktional auszulesen. Diese Arbeiten sollen in enger Kooperation mit der zellbiologisch orientierten Arbeitsgruppe von K. Mölling (Zürich, Schweiz) durchgeführt werden.

• DFG Programme: Research Grants
• Participating Person: Dr. Prisca Boisguérin